دستیابی به اهداف بلند علمی، نیازمند یک نظام آموزشی پژوهشی کارآمد و پیشرو است که با بهره‌گیری از روش تحصیل حوزوی و پایبندی به سنت‌های اصیل آن، همواره تحول و روزآمدی را در نظر داشته باشد و با به‌کارگیری شیوه‌های آموزشی پژوهش‌محور و خلاقیت‌گرا، زمینه رشد و بالندگی طلاب را فراهم سازد. در این روش مدارس باید با تأکید بر فقه و روش فقاهتی، زمینه تفقه در همه رشته‌های علوم و معارف اسلامی را برای طلاب هموار سازند و با آموزش جامع علوم و معارف مورد نیاز در مسیر طلبگی و تعلیم مهارت‌های لازم برای طلاب، جامعیت نسبی را در آنان ایجاد نمایند. در این نظام آموزشی ـ پژوهشی بالنده، همواره با درک تفاوت استعدادها، اهداف و کارکردهای افراد با ارزشیابی مداوم، پایش و هدایت تحصیلی مناسب، زمینه ایفای نقش طلاب علوم دینی در رسالت‌های مختلف روحانیت فراهم می‌گردد.
تحول هدفمند در روش‌ها، برنامه‌ها و متون آموزشی
تحول در راستای روزآمدی و کارآمدی ضرورت یک برنامه آموزشی است. برنامه‌ریزان باید با پرهیز از جمود، جزم اندیشی، تصلب و تحجر و با نگاه به تحولات و نیازهای امروز و رصد و تدبیر فردا، به برنامه‌ریزی بپردازند.
راهکارها:
1. تدبیر، عاقبت‌اندیشی و توجه به نیازهای آینده جامعه و طلاب؛
2. توجه به آفات طرح‌ها و برنامه‌ها و آسیب‌شناسی مداوم و اصلاح؛ [1]
3. توجه به توالی و ترتیب آموزشی مناسب؛
4. اکتفا به مقدار لازم مواد و متون درسی؛
5. آسان‌سازی زبان در بیان و تفهیم مطالب؛
6. استفاده از متون آموزشی روزآمد و کاربردی؛
7. اجرای آزمایشی و محدود برخی طرح‌های تحولی و رصد بازخوردها. [2]
[1]. از آن‌جایی‌که «لِكُلِ شَيْءٍ آفَةٌ» (غررالحکم و دررالکلم، ص 542) باید از ابتدا آفت‌های احتمالی طرح‌های جدید را شناخت و برای رفع و دفع آن‌ها تدبیری اندیشید.
[2]. می‌توان برخی طرح‌های جدید را بصورت آزمایشی و محدود اجرا نمود و با پرهیز از ترس در اجرا، با تدبیر و مشورت به طور سنجیده دست به اقدام زد.